玉井在荷蘭佔領及清代稱大武壟，係曹族四社熟番－噍吧哖社、芒仔芒社、宵里社及今楠西鄉的茄拔社等原住民所居住。後因大目降（今新化）之西拉雅族，在鄭氏時代受漢人侵佔，轉而驅逐曹族四社，據有其地。清雍正初年，漢人在此建庄。至民國九年（日本大正九年，西元1920年），日人據台，始以「噍吧哖」Tapani的近似音「玉井」（日語Tamai）來稱呼本鄉，沿用至今，日本據台時，為台南州新化郡玉井庄，置庄長一人，光復後改稱玉井鄉。
行政區域劃分為玉井、玉田、中正、竹圍、沙田、三埔、望明、三和、層林、豐里等十村,人口有1萬5千餘人,現任鄉長為葉枝成先生。本鄉位於台南縣東方,居阿里山脈南段分脈,海拔100公尺,北鄰楠西鄉,東接南化鄉,西與大內、山上兩鄉為鄰,南連左鎮鄉,境內有曾文溪貫穿,會後堀溪後,流入大內鄉境,為台南縣山區少有之盆地地形。
農產以水果為主，木瓜、荔枝、龍眼、楊桃、西瓜、香蕉、番石榴、鳳梨、芒果為大宗，其中以芒果最具代表性,有芒果的故鄉之稱。
大正四年間,余清芳,江定等人,鑑於推翻日人高壓統治,集結有志之士於南化鄉後堀溪上游山區,伺機攻打日本政府機關,後因事跡敗露,提早以火攻起義於現今南化分駐所,後履次攻打現今玉井分局不下,又日本政府增兵抵禦,於現今虎頭山對峙,終因武器,人員不足而失敗,史稱"噍吧哖事件"日譯たまい）事件,又稱「西來庵事件」為日治時期台灣人死傷最為慘重之抗日事件。
